БИОЛОГИЧЕСКИЕ МИКРОЧИПЫ В ЛАБОРАТОРНОЙ ДИАГНОСТИКЕ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ НОВООБРАЗОВАНИЙ


https://doi.org/10.18027/2224-5057-2012-2-76-79

Полный текст:


Аннотация

Соматические мутации в генах EGFR, KRAS и BRAF важны для определения чувствительности ряда опухолей к таргетной терапии. Разработан метод, позволяющий детектировать 13 наиболее часто встречающихся мутаций в гене EGFR (9 вариантов делеций в 19 экзоне, точковые мутации в 858 и 719 кодонах), 13 мутаций в 12, 13 и 61 кодонах гена KRAS и мутацию в 600 кодоне гена BRAF. Для выявления минорных фракций опухолевых клеток в клинических образцах использовали амплификацию последовательностей опухолевой ДНК с подавлением амплификации последовательностей дикого типа в ходе ПЦР с помощью LNA (locked nucleic acid)-олигонуклеотидов. Продукты реакции LNA-блокирующей ПЦР далее гибридизовали с олигонуклеотидными зондами, иммобилизованными в геле на поверхности биочипов. С использованием этого подхода протестированы образцы опухолевой ДНК 123 пациентов с немелкоклеточным раком легкого, преимущественно, аденокарциномами. Использовали как образцы свежезамороженной ткани, так и образцы, фиксированные в парафиновых блоках. В качестве референс-метода использовали секвенирование ПЦР продуктов, полученных из клинических образцов с обогащением опухолевыми клетками. Наличие мутации в гене BRAF исследовано в 93 образцах пациентов с меланомой. В качестве референс-метода использовали аллель-специфичную ПЦР и секвенирование. Разработанный метод с использованием биочипов позволяет с высокой достоверностью обнаруживать мутации в генах EGFR, KRAS и BRAF независимо от метода фиксации клинического материала, если доля клеток, несущих мутацию, составляет не менее 1%.


Об авторах

Т. В. Наседкина
Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта Российской академии наук, Москва
Россия


М. А. Емельянова
Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта Российской академии наук, Москва
Россия


И. С. Абрамов
Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта Российской академии наук, Москва
Россия


И. В. Цыганова
НИИ Канцерогенеза ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН, Москва
Россия


К. А. Архипова
НИИ Канцерогенеза ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН, Москва
Россия


И. Б. Зборовская
НИИ Канцерогенеза ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН, Москва
Россия


Н. Н. Мазуренко
НИИ Канцерогенеза ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН, Москва
Россия


Л. Н. Любченко
НИИ КО, ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН, Москва
Россия


Список литературы

1. MacConaill LE, Garraway LA. Clinical implications of the cancer genome. // J Clin Oncol. 2010. – Vol. 28. - P. 5219-28.

2. Weinstein IB. Cancer. Addiction to oncogenes—the Achilles heal of cancer // Science. 2002. - Vol. 297. – P. 63-4.

3. De Luca A, Normanno N. Predictive biomarkers to tyrosine kinase inhibitors for the epidermal growth factor receptor in non-small-cell lung cancer. // Curr Drug Targets. - 2010. – Vol. 11. – P. 851-64.

4. Smalley KS, McArthur GA. The current state of targeted therapy in melanoma: this time it’s personal. // Semin Oncol. - 2012. – Vol. 39. – P. 204-14.

5. Ciardiello F., Tortora G. EGFR Antagonists in Cancer Treatment // N Engl J Med. - 2008. - Vol. 358. – P.1160-1174.

6. Tomizawa Y., Iijima H., Sunaga N., Sato K., Takise A., Otani Y., Tanaka S., Suga T., Saito R., Ishizuka T., Dobashi K., Minna J.D., Nakajima T., Mori M. Clinicopathologic Significance of the Mutations of the Epidermal Growth Factor Receptor Gene in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer. // Clin Cancer Res. – 2005. - Vol.11. - P. 6816-6822.

7. Iinuma H., Okinaga K., Adachi M., Suda K., Sekine T., Sakagawa K., Baba Y., Tamura J., Kumagai H., Ida A. Detection of tumor cells in blood using CD45 magnetic cell separation followed by nested mutant allele-specific amplification of p53 and K-ras genes in patients with colorectal cancer. // Int J Cancer. - 2000. – Vol. 89. – P. 337–344.

8. Nishikawa T., Maemura K., Hirata I., Matsuse R., Morikawa H., Toshina K., Murano M., Hashimoto K., Nakagawa Y., Saitoh O., Uchida K., Katsu K. A simple method of detecting K-ras point mutations in stool samples for colorectal cancer screening using one-step polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism analysis. // Clin Chim Acta. - 2002. – Vol. 318. – P. 107–112.

9. Milbury C.A., Li J., Makrigiorgos G.M. PCR-based methods for the enrichment of minority alleles and mutations. // Clin Chem. - 2009. Vol. 55. – P. 632-640.

10. Beranek M., Jandik P., Sacha M., Rajman M., Sakra L., Stumr F., Soudkova E., Zivny P., Havlicek K. LNA clamped PCR: A specific method for detection of Ki-ras gene mutations in patients with sporadic colorectal carcinomas. // Klin Biochem Metab.- 2006. – Vol. 14. – P. 217–220.

11. Гагарин И.М. Молекулярные маркеры эффективности ингибиторов EGFR при немелкоклеточном раке легкого и колоректальном раке. Автореф. дис... канд. мед. наук. — М., 2011. — 34 с.

12. Емельянова М.А., Амосенко Ф.А., Чудинов А.В., Суржиков С.А., Казубская Т.П., Любченко Л.Н., Заседателев А.С., Наседкина Т.В. Определение мутаций в гене KRAS в опухолевых клетках с помощью биологических микрочипов. // Молекулярная биология - 2011. Том 45 (4). - С. 1–8.

13. Глотов А.С., Наседкина Т.В., Иващенко Т.Э., Юрасов Р.А., Суржиков С.А., Паньков С.В., Чудинов А.В., Баранов В.С., Заседателев А.С. Создание биочипа для анализа полиморфизма в генах системы биотрансформации. // Молекуляр. биология. - 2005. – Vol. 39. - С. 403-412.


Дополнительные файлы

Для цитирования: Наседкина Т.В., Емельянова М.А., Абрамов И.С., Цыганова И.В., Архипова К.А., Зборовская И.Б., Мазуренко Н.Н., Любченко Л.Н. БИОЛОГИЧЕСКИЕ МИКРОЧИПЫ В ЛАБОРАТОРНОЙ ДИАГНОСТИКЕ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ НОВООБРАЗОВАНИЙ. Злокачественные опухоли. 2012;2(2):76-79. https://doi.org/10.18027/2224-5057-2012-2-76-79

For citation: ., ., ., ., ., ., ., . . Malignant tumours. 2012;2(2):76-79. (In Russ.) https://doi.org/10.18027/2224-5057-2012-2-76-79

Просмотров: 336

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2224-5057 (Print)
ISSN 2587-6813 (Online)