tumorsMalignant tumoursMalignant tumours2224-50572587-6813Rosoncoweb10.18027/2224-5057-2012-2-76-79tumors-118Research ArticleОБЗОРЫ И АНАЛИТИКАREVIEWS AND ANALYSISБИОЛОГИЧЕСКИЕ МИКРОЧИПЫ В ЛАБОРАТОРНОЙ ДИАГНОСТИКЕ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ НОВООБРАЗОВАНИЙНаседкинаТ. В.ЕмельяноваМ. А.АбрамовИ. С.ЦыгановаИ. В.АрхиповаК. А.ЗборовскаяИ. Б.МазуренкоН. Н.ЛюбченкоЛ. Н.Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта Российской академии наук, МоскваRussian FederationНИИ Канцерогенеза ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН, МоскваRussian FederationНИИ КО, ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина» РАМН, МоскваRussian Federation201221052015227679Copyright © Наседкина Т.В., Емельянова М.А., Абрамов И.С., Цыганова И.В., Архипова К.А., Зборовская И.Б., Мазуренко Н.Н., Любченко Л.Н., 20152015Наседкина Т.В., Емельянова М.А., Абрамов И.С., Цыганова И.В., Архипова К.А., Зборовская И.Б., Мазуренко Н.Н., Любченко Л.Н.Наседкина Т.В., Емельянова М.А., Абрамов И.С., Цыганова И.В., Архипова К.А., Зборовская И.Б., Мазуренко Н.Н., Любченко Л.Н.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.malignanttumors.org/jour/article/view/118

Соматические мутации в генах EGFR, KRAS и BRAF важны для определения чувствительности ряда опухолей к таргетной терапии. Разработан метод, позволяющий детектировать 13 наиболее часто встречающихся мутаций в гене EGFR (9 вариантов делеций в 19 экзоне, точковые мутации в 858 и 719 кодонах), 13 мутаций в 12, 13 и 61 кодонах гена KRAS и мутацию в 600 кодоне гена BRAF. Для выявления минорных фракций опухолевых клеток в клинических образцах использовали амплификацию последовательностей опухолевой ДНК с подавлением амплификации последовательностей дикого типа в ходе ПЦР с помощью LNA (locked nucleic acid)-олигонуклеотидов. Продукты реакции LNA-блокирующей ПЦР далее гибридизовали с олигонуклеотидными зондами, иммобилизованными в геле на поверхности биочипов. С использованием этого подхода протестированы образцы опухолевой ДНК 123 пациентов с немелкоклеточным раком легкого, преимущественно, аденокарциномами. Использовали как образцы свежезамороженной ткани, так и образцы, фиксированные в парафиновых блоках. В качестве референс-метода использовали секвенирование ПЦР продуктов, полученных из клинических образцов с обогащением опухолевыми клетками. Наличие мутации в гене BRAF исследовано в 93 образцах пациентов с меланомой. В качестве референс-метода использовали аллель-специфичную ПЦР и секвенирование. Разработанный метод с использованием биочипов позволяет с высокой достоверностью обнаруживать мутации в генах EGFR, KRAS и BRAF независимо от метода фиксации клинического материала, если доля клеток, несущих мутацию, составляет не менее 1%.

соматические мутациирак легкогомеланомаEGFRKRASBRAFбиочипыдиагностикаReferencesMacConaill LE, Garraway LA. Clinical implications of the cancer genome. // J Clin Oncol. 2010. – Vol. 28. - P. 5219-28.MacConaill LE, Garraway LA. Clinical implications of the cancer genome. // J Clin Oncol. 2010. – Vol. 28. - P. 5219-28.Weinstein IB. Cancer. Addiction to oncogenes—the Achilles heal of cancer // Science. 2002. - Vol. 297. – P. 63-4.Weinstein IB. Cancer. Addiction to oncogenes—the Achilles heal of cancer // Science. 2002. - Vol. 297. – P. 63-4.De Luca A, Normanno N. Predictive biomarkers to tyrosine kinase inhibitors for the epidermal growth factor receptor in non-small-cell lung cancer. // Curr Drug Targets. - 2010. – Vol. 11. – P. 851-64.De Luca A, Normanno N. Predictive biomarkers to tyrosine kinase inhibitors for the epidermal growth factor receptor in non-small-cell lung cancer. // Curr Drug Targets. - 2010. – Vol. 11. – P. 851-64.Smalley KS, McArthur GA. The current state of targeted therapy in melanoma: this time it’s personal. // Semin Oncol. - 2012. – Vol. 39. – P. 204-14.Smalley KS, McArthur GA. The current state of targeted therapy in melanoma: this time it’s personal. // Semin Oncol. - 2012. – Vol. 39. – P. 204-14.Ciardiello F., Tortora G. EGFR Antagonists in Cancer Treatment // N Engl J Med. - 2008. - Vol. 358. – P.1160-1174.Ciardiello F., Tortora G. EGFR Antagonists in Cancer Treatment // N Engl J Med. - 2008. - Vol. 358. – P.1160-1174.Tomizawa Y., Iijima H., Sunaga N., Sato K., Takise A., Otani Y., Tanaka S., Suga T., Saito R., Ishizuka T., Dobashi K., Minna J.D., Nakajima T., Mori M. Clinicopathologic Significance of the Mutations of the Epidermal Growth Factor Receptor Gene in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer. // Clin Cancer Res. – 2005. - Vol.11. - P. 6816-6822.Tomizawa Y., Iijima H., Sunaga N., Sato K., Takise A., Otani Y., Tanaka S., Suga T., Saito R., Ishizuka T., Dobashi K., Minna J.D., Nakajima T., Mori M. Clinicopathologic Significance of the Mutations of the Epidermal Growth Factor Receptor Gene in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer. // Clin Cancer Res. – 2005. - Vol.11. - P. 6816-6822.Iinuma H., Okinaga K., Adachi M., Suda K., Sekine T., Sakagawa K., Baba Y., Tamura J., Kumagai H., Ida A. Detection of tumor cells in blood using CD45 magnetic cell separation followed by nested mutant allele-specific amplification of p53 and K-ras genes in patients with colorectal cancer. // Int J Cancer. - 2000. – Vol. 89. – P. 337–344.Iinuma H., Okinaga K., Adachi M., Suda K., Sekine T., Sakagawa K., Baba Y., Tamura J., Kumagai H., Ida A. Detection of tumor cells in blood using CD45 magnetic cell separation followed by nested mutant allele-specific amplification of p53 and K-ras genes in patients with colorectal cancer. // Int J Cancer. - 2000. – Vol. 89. – P. 337–344.Nishikawa T., Maemura K., Hirata I., Matsuse R., Morikawa H., Toshina K., Murano M., Hashimoto K., Nakagawa Y., Saitoh O., Uchida K., Katsu K. A simple method of detecting K-ras point mutations in stool samples for colorectal cancer screening using one-step polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism analysis. // Clin Chim Acta. - 2002. – Vol. 318. – P. 107–112.Nishikawa T., Maemura K., Hirata I., Matsuse R., Morikawa H., Toshina K., Murano M., Hashimoto K., Nakagawa Y., Saitoh O., Uchida K., Katsu K. A simple method of detecting K-ras point mutations in stool samples for colorectal cancer screening using one-step polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism analysis. // Clin Chim Acta. - 2002. – Vol. 318. – P. 107–112.Milbury C.A., Li J., Makrigiorgos G.M. PCR-based methods for the enrichment of minority alleles and mutations. // Clin Chem. - 2009. Vol. 55. – P. 632-640.Milbury C.A., Li J., Makrigiorgos G.M. PCR-based methods for the enrichment of minority alleles and mutations. // Clin Chem. - 2009. Vol. 55. – P. 632-640.Beranek M., Jandik P., Sacha M., Rajman M., Sakra L., Stumr F., Soudkova E., Zivny P., Havlicek K. LNA clamped PCR: A specific method for detection of Ki-ras gene mutations in patients with sporadic colorectal carcinomas. // Klin Biochem Metab.- 2006. – Vol. 14. – P. 217–220.Beranek M., Jandik P., Sacha M., Rajman M., Sakra L., Stumr F., Soudkova E., Zivny P., Havlicek K. LNA clamped PCR: A specific method for detection of Ki-ras gene mutations in patients with sporadic colorectal carcinomas. // Klin Biochem Metab.- 2006. – Vol. 14. – P. 217–220.Гагарин И.М. Молекулярные маркеры эффективности ингибиторов EGFR при немелкоклеточном раке легкого и колоректальном раке. Автореф. дис... канд. мед. наук. — М., 2011. — 34 с.Гагарин И.М. Молекулярные маркеры эффективности ингибиторов EGFR при немелкоклеточном раке легкого и колоректальном раке. Автореф. дис... канд. мед. наук. — М., 2011. — 34 с.Емельянова М.А., Амосенко Ф.А., Чудинов А.В., Суржиков С.А., Казубская Т.П., Любченко Л.Н., Заседателев А.С., Наседкина Т.В. Определение мутаций в гене KRAS в опухолевых клетках с помощью биологических микрочипов. // Молекулярная биология - 2011. Том 45 (4). - С. 1–8.Емельянова М.А., Амосенко Ф.А., Чудинов А.В., Суржиков С.А., Казубская Т.П., Любченко Л.Н., Заседателев А.С., Наседкина Т.В. Определение мутаций в гене KRAS в опухолевых клетках с помощью биологических микрочипов. // Молекулярная биология - 2011. Том 45 (4). - С. 1–8.Глотов А.С., Наседкина Т.В., Иващенко Т.Э., Юрасов Р.А., Суржиков С.А., Паньков С.В., Чудинов А.В., Баранов В.С., Заседателев А.С. Создание биочипа для анализа полиморфизма в генах системы биотрансформации. // Молекуляр. биология. - 2005. – Vol. 39. - С. 403-412.Глотов А.С., Наседкина Т.В., Иващенко Т.Э., Юрасов Р.А., Суржиков С.А., Паньков С.В., Чудинов А.В., Баранов В.С., Заседателев А.С. Создание биочипа для анализа полиморфизма в генах системы биотрансформации. // Молекуляр. биология. - 2005. – Vol. 39. - С. 403-412.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.