Мария В. Макарова, руководитель направления онкогенетики, врач-генетик компании;
врач-генетик
Москва
Maria V. Makarova, Head of the Oncogenetics Department;
Geneticist
Moscow
Марина В. Немцова, д. б. н, профессор, эксперт по онкогенетике, врач-лабораторный генетик компании;
главный научный сотрудник лаборатории эпигенетики
Москва
Marina V. Nemtsova, MD, PhD, DSc Biol, Professor, Expert in Oncogenetics, Laboratory Geneticist;
Chief Researcher of the Epigenetics Laboratory
Moscow
Максим С. Беленикин, к. х. н., заведующий лабораторией директор по научно-исследовательской работе
Москва
Maxim S. Belenikin, MD, PhD, Head of the Laboratory
Moscow
Анастасия А. Криныцына, к. б. н., заместитель заведующего лабораторией
Москва
Anastasia A. Krinitsina, MD, PhD Biol, Deputy Head of the Laboratory
Moscow
Денис К. Черневский, врач-генетик компании;
ассистент кафедры факультетской и поликлинической педиатрии, врач-генетик
Нижний Новгород
Denis K. Chernevskiy, Geneticist;
Assistant of the Department of Faculty Pediatrics, Geneticist
Nizhny Novgorod
Елена Е. Баранова, к. м. н., врач-генетик, медицинский директор компании;
доцент кафедры медицинской генетики
Москва
Elena E. Baranova, MD, PhD, Geneticist, Medical Director;
Associate Professor of the Department of Medical Genetics
Moscow
Олеся В. Сагайдак, к. м. н., руководитель научно-медицинского отдела
Москва
Olesya V. Sagaydak, MD, PhD, Head of the Scientific and Medical Department
Moscow
Мария М. Бяхова, д. м. н., заведующая лабораторией генетики Центра патологоанатомической диагностики и молекулярной генетики
Москва
Maria M. Byakhova, MD, PhD, DSc, Center for Pathological Anatomical Diagnostics and Molecular Genetics
Moscow
Елена Н. Куликова, врач-онколог, заведующая ЦАОП, главный внештатный специалист-онколог Департамента здравоохранения ЯНАО
Ноябрьск
Elena N. Kulikova, Oncologist, Head of Outpatient Cancer Care Center of Central City Hospital, Chief Oncologist of the Healthcare Department of the Yamalo-Nenets Autonomous Okrug
Noyabrsk
Александра П. Чернова, врач-онколог, заведующая ЦАОП
Салехард
Alexandra P. Chernova, Oncologist, Head of Outpatient Cancer Care Center
Salekhard
Андрей А. Дорофеев, к. м. н., заместитель директора
Салехард
Andrey A. Dorofeev, MD, PhD, Deputy Director
Salekhard
Актуальность: Герминальные патогенные варианты являются причиной развития наследственных опухолевых синдромов (НОС). Для выявления НОС применяются различные подходы, от анализа «частых» мутаций одного или нескольких генов до полного секвенирования кандидатного гена, мультигенной панели, полноэкзомного или полногеномного секвенирования. Иногда встречаются случаи с нетипичным клиническим проявлением, а семейный анамнез не позволяет своевременно заподозрить конкретный НОС у пациента и ограничиться исследованием одного или нескольких генов. Научные проекты с применением высокопроизводительного секвенирования для оценки генетических особенностей определенной выборки онкологических пациентов позволили выявить нетипичные случаи НОС.Цель исследования: Представить клиническое описание и результаты молекулярно-генетической диагностики двух нетипичных клинических случаев НОС.Материалы и методы: Представлены результаты молекулярной диагностики генетических причин, приводящих к развитию НОС, на примере двух клинических случаев. Полногеномное секвенирование проведено с использованием реагентов и оборудования производства MGI (Китай). Валидация клинически значимых вариантов, полученных по результатам полногеномного секвенирования, проведена секвенированием по Сэнгеру.Результаты: В первом клиническом случае выявлен патогенный вариант в гене TP53: c. 637C > T, p. Arg213Ter, rs397516436, и подтвержден синдром Ли–Фраумени. Во втором случае у пациента выявлено носительство двух патогенных вариантов — BRCA2: c. 6644_6647del, p. Tyr2215SerfsTer13, rs80359616 и MSH2: c. 1906G > C, p. Ala636Pro, rs63750875, ассоциированных с развитием наследственного рака молочной железы и яичника и наследственного колоректального рака (синдром Линча).Заключение: Использование расширенных методов генетического тестирования, в том числе полногеномного секвенирования позволяет выявить все клинически значимые герминальные варианты, ассоциированные с НОС, у онкологических пациентов, а также проследить их сегрегацию у родственников.
Background: Germinal pathogenic variants are the cause of the development of hereditary cancer syndromes (HCS). Various genetic tests are used for HCS detect, from the «frequent» mutations of one or several genes analysis to the full-length gene sequence, next-generation sequencing (NGS) based panel, whole exome (WES) or whole genome sequencing (WGS).There are some HCS cases with atypical clinical manifestations and the family history does not allow one to suspect a specific HCS and limit oneself to the study of only one or a few genes. Conducting research using NGS to assess the selected sample of cancer patient’s genetic characteristics has revealed atypical HCS cases.Aim: To present the WGS diagnosis results for two atypical hereditary tumor syndromes cases.Materials and methods: DNA isolation was performed using Qiagen DNA Isolation kit. WGS for all samples was performed at DNBSEQ-T7 (MGI) and DNBSEQ-G400 (MGI) sequencing platforms using PCR-free protocol with average sample coverage 30x. A standard bioinformatics analysis pipeline was implemented for all the samples data processing.Potential clinically relevant variants were validated using Sanger sequencing. For all patients was received signed a written consent.Results: In the first case report, a pathogenic variant in the TP53 gene was identified: c. 637C > T, p. Arg213Ter, rs397516436, and Li – Fraumeni syndrome was confirmed. In the second case, we detected two pathogenic variants carrier — BRCA2: c. 6644_6647del, p. Tyr2215SerfsTer13, rs80359616 and MSH2: c. 1906G > C, p. Ala636Pro, rs63750875 associated with hereditary breast and ovarian cancer and hereditary colorectal cancer (Lynch syndrome).Conclusion: NGS, including WGS makes it easier to identify all clinically significant germline variants associated with hereditary cancer syndromes in cancer patients, as well as to trace their segregation in relatives.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.